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Die digitale Signatur kann auf vielfältige Art und Weise eingesetzt werden. Doch bei jedem Einsatz einer digitalen Signatur sind verschiedene Richtlinien und gesetzliche Regelungen zu beachten. Diese sind in erster Linie im Signaturgesetz (SigG) verankert.
Die digitale Signatur dient in erster Linie als Beweis dafür, dass die Daten des Dokumentes und die des Absenders der Wahrheit entsprechen. Aus diesem Grund werden sie vorrangig bei Willenserklärungen, Vereinbarungen und Verträgen, die auf elektronischem Wege übermittelt werden, angewendet. Beispiele hierfür sind unter anderem Bestellungen, Aufträge, Bescheide und Beglaubigungen. Um zu garantieren, dass derartige Dokumente gültig und echt sind, wird in der Regel eine qualifizierte elektronische Signatur angehängt. Dies gilt vor allem für Dokumente, die der schriftlichen Form bedürfen. Das SigG schreibt hier vor, dass diese Dokumente zwar auf elektronischem Weg versendet werden dürfen, dass aber dann eine qualifizierte elektronische Signatur vorhanden sein muss.
Auch bei der elektronischen Übermittlung von Rechnungen kann die digitale Signatur eingesetzt werden. Hier tritt sie jedoch vorrangig als Massensignatur auf. Die Massensignatur entspricht der qualifizierten elektronischen Signatur und wird mittels der Signaturkarte des Absenders erstellt. Zu beachten ist hierbei jedoch, dass der Empfänger die elektronische Übermittlung erlaubt und dies auch im Detail dokumentiert.
Ein weiteres Einsatzgebiet der digitalen Signatur ist das Versenden von gescannten Dokumenten. Die Umwandlung von Papierdokumenten in elektronische Dokumente wird laut SigG erst durch die Verschlüsselung mittels einer qualifizierten elektronischen Signatur rechtsgültig. Es ist nicht ausreichend, das gescannte Dokument vor dem Scannen einfach handschriftlich zu unterschreiben.
Des Weiteren wird die digitale Signatur immer stärker in folgenden Bereichen eingesetzt: e-Government wie elektronische Steuererklärung, Wahlen und Abstimmungen; e-Medical wie elektronische Rezepte und Arztbriefe; Archivierung von Daten sowie das sichere Bezahlen im Internet.